mNGS 檢測病原微生物技術團體標準發布，杰毅生物參與制定
近日，團體標準 T/CITS 686—2025《病原宏基因組高通量測序檢測病原微生物技術要求》正式發布。該標準由中國醫學科學院北京協和醫院牽頭，聯合杰毅生物等多家權威機構共同起草，系統規定了醫療機構臨床實驗室開展 mNGS 檢測所應遵循的資源要求、過程要求及管理體系要求，涵蓋了設施環境、人員資質、設備管理、試劑耗材、檢驗前中后流程以及質量控制等關鍵環節。進一步推進病原宏基因組高通量測序（mNGS）技術在臨床檢驗領域邁入規范化、標準化發展的新階段。
以下是該文件要點：
一、適用范圍
本文件規定了病原宏基因組高通量測序技術檢測病原微生物的資源要求、過程要求和管理體系要求。
本文件適用于醫療機構臨床實驗室開展病原微生物的宏基因組高通量測序檢測活動。
本文件不適用于科研性質的病原宏基因組高通量測序檢測，基于生物納米孔、固態納米孔等單分子測序技術的病原宏基因組檢測，以及基于靶向探針雜交捕獲或多重引物擴增技術建立的病原高通量測序檢測。
二、資源要求
4.1 設施和環境條件
4.1.1?mNGS 實驗室（以下簡稱實驗室）應至少達到生物安全二級（BSL-2）標準，設計應符合 GB 19489—2008 和 GB 50346—2011 的要求。
4.1.2?實驗室應合理劃分功能區域，包括但不限于：
- a) 試劑及耗材庫房；
- b) 試劑準備室；
- c) 標本接收及檢驗前標本儲存室；
- d) 標本制備室；
- e) 檢驗后標本儲存室；
- f) 文庫制備室；
- g) 測序室；
- h) 數據分析及報告解讀室；
- i) 醫療垃圾暫存室。
4.1.3?若實驗室使用自動化儀器進行核酸提取、文庫構建和/或測序，宜根據自動化儀器的工作需求合理劃定分區。
4.1.4?各區域應具備獨立的環境控制系統，其中文庫制備室和測序室宜設置獨立的通風系統，并維持負壓狀態。
4.1.5?測序室宜配備恒溫恒濕控制系統與高效過濾裝置（如 HEPA 過濾器）。
4.1.6?高精密儀器（如高通量測序儀、分析服務器等）應置于減震平臺，并配備不間斷電源。
4.1.7?所有區域宜配備實時環境監控設備，記錄溫濕度、潔凈度等數據。
注：更多檢驗檢測實驗室設計與建設技術要求參考 GB/T 32146.1—2015 和 GB/T 37140—2018。
4.2 人員
4.2.1?實驗室人員配置宜至少包括實驗室負責人、技術負責人、實驗操作人員、生物信息學分析人員及結果解讀和報告簽發人員。
4.2.2?所有人員應具備臨床醫學檢驗技術資格證書、臨床基因擴增檢驗實驗室技術人員培訓合格證書、臨床高通量測序檢測實驗室規范化培訓證書等，并通過實驗室內部培訓和考核，經資格確認后方可上崗。同時應滿足以下要求：
- a) 實驗室負責人具有臨床微生物檢驗學或分子生物學相關專業高級專業技術職稱，具備全面的實驗室質量管理能力；
- b) 技術負責人具有臨床檢驗診斷學或醫學檢驗、臨床醫學、分子生物學等專業學士及以上學位，具備 5 年以上臨床實驗室工作經驗，并全面掌握高通量測序技術的原理、關鍵操作環節及風險管控的要求；
- c) 實驗操作人員具有臨床檢驗診斷學或醫學檢驗、分子生物學等相關專業背景，并經過相關專業技術培訓；
- d) 若實驗室配置有生物信息學分析人員，其應掌握基因測序技術原理及相應的生物信息學軟件的使用，并具備數據信息維護、開發新算法及更新數據庫的能力；
- e) 結果解讀和報告簽發人員應具備臨床檢驗診斷學或醫學檢驗、臨床醫學、分子生物學等專業學士及以上學位，并熟悉感染性疾病臨床診療指南。
4.2.3?工作人員連續工作 6 個月后，宜再次進行崗位能力評估。若連續 6 個月未從事該崗位工作，宜重新進行崗位能力考核，考核通過后上崗。
4.3 設備
4.3.1?實驗室設備應包括測序儀、生物信息學分析系統、實驗室信息系統等。
4.3.2?所有硬件設備宜具有唯一的實驗室編號，并依據制造商說明書制定維護和校準程序。
4.3.3?生物信息學分析系統應設置唯一版本號，并在質量管理文件中進行明確記錄。軟件升級前應制定驗證方案，完成驗證后方可升級，并及時更新版本記錄。
4.3.4?臨床檢測前，應對信息管理系統的運行進行驗證，患者信息在實驗室信息系統與醫院病歷系統之間的傳輸應準確無誤。系統應具備安全防護措施，防止未經授權訪問、篡改或刪除數據。測序數據的管理宜符合以下要求：
- a) 數據存儲：測序數據應存儲在專用存儲服務器中，并定期備份原始數據與結果文件，可基于已識別的風險選擇保存時間；
- b) 數據訪問：服務器應實施嚴格的賬號與權限管理，規范數據訪問渠道、方式及人員；
- c) 數據使用：測序數據的使用及傳輸應經過審批程序。
4.4 試劑和耗材
4.4.1?實驗室應建立試劑和耗材的接收、儲存和庫存管理制度。
4.4.2?更換新批次主要試劑和/或耗材前，應使用新批次對現用批次檢測結果為陰性和陽性的若干剩余臨床標本進行檢測，比對結果一致后方可啟用，并保存比對記錄。
三、過程要求
5.1 檢驗前過程
5.1.1 檢驗申請
臨床醫生提出檢驗申請時宜提供充分信息，包括患者基本信息、檢驗標本采集時間、送檢時間、抗菌藥物使用史等。必要時，實驗室宜與臨床醫生溝通確認重點關注的病原微生物種類。
5.1.2 標本采集與轉運
實驗室應向臨床醫生提供標本采集和轉運的程序文件，明確標本類型、標本采集過程、采集容器、標本量、標本轉運和保存的溫度條件和時間限制，并提供實驗室接收標本的時間、地點和聯系方式。
5.1.3 標本接收
5.1.3.1?實驗室應制定標本接收程序，確認無誤后接收并記錄接收時間。若發現醫囑錯誤、標本標識不清晰或錯誤，應立即聯系臨床醫生或患者及家屬。
5.1.3.2?實驗室應制定不合格標本判定標準。若接收標本質量不適于檢驗或可能影響檢驗結果，應在標本接收時與臨床醫生或患者及家屬進行溝通。若不合格標本具有不可替代性，且臨床醫生或患者及家屬仍選擇繼續檢驗，應在最終報告中備注說明。
5.2 檢驗過程
5.2.1 檢驗程序的選擇和性能確認
5.2.1.1?實驗室應根據臨床預期用途選擇和建立合適的檢驗程序，并對試劑、測序儀器及分析軟件進行性能確認，主要包括關鍵實驗環節和完整流程的性能確認。
5.2.1.2?應根據擬檢測的標本類型和病原微生物種類制備性能確認標本，由實驗室的工作人員完成性能確認，并記錄和分析性能確認結果，最終確認所用檢驗程序的性能參數，如可報告范圍、檢測限等。
5.2.1.3?性能確認報告應由實驗室負責人審核并存檔。
5.2.2 檢驗程序的執行
5.2.2.1?實驗室人員應嚴格根據 SOP 的要求進行操作，并如實記錄實驗過程中的數據。實驗過程宜至少包括：
- a) 標本處理與核酸提取：測定核酸濃度和純度，并根據標本類型分別設置不合格要求，不同標本類型宜在不同生物安全柜中操作，宜使用 A2 型半排或 B2 型生物安全柜；
- b) 文庫構建：文庫構建完成后宜測定文庫濃度和純度，可測定文庫片段分布并計算摩爾濃度；
- c) 測序：核對測序模式、讀長設置、標本信息等，監控儀器運行參數及環境狀況，異常時評估影響，必要時重新測序。
5.2.2.2?生物信息學分析宜實現自動化，至少包括以下步驟：
- a) 測序數據拆分：對原始下機數據，進行標簽識別以及序列拆分；
- b) 測序數據質量控制：對拆分后的數據進行接頭序列、低質量序列、低復雜度以及重復序列過濾，明確單價標本的測序數據量和 Q30 的最低要求；
- c) 去除人源宿主序列：對人源以及人源載體序列進行過濾，即將高質量序列與人源參考數據庫進行比對過濾，得到非人源高質量序列；
- d) 微生物物種注釋：將非人源高質量序列與參考數據庫進行比對，得到序列所屬病原微生物物種和/或基因的信息；
- e) 注釋結果：根據可報告范圍內病原微生物和/或基因的臨界點，明確檢測結果。
5.3 檢驗結果有效性的保證
5.3.1 實驗室內質量控制
5.3.1.1?每批次實驗應至少包含 1 份陽性質控品、1 份陰性質控品和/或空白質控品，質控品基質和結果宜盡可能接近真實臨床標本。若檢測不同的標本類型，或使用不同檢測試劑和/或操作流程，宜分別設置陽性質控品、陰性質控品和/或空白質控品。
5.3.1.2?空白質控品宜使用去離子水或生理鹽水。陰性質控品宜使用既往檢測結果為陰性的臨床剩余標本。以陰性質控品為稀釋基質，加入完整病原微生物或核酸（可為標準物質、來源明確且驗證過的培養物、檢測結果明確的臨床剩余標本或人工合成的核酸序列等）制備陽性質控品，病原微生物濃度宜控制在最低檢測限濃度的 2 倍～4 倍。
5.3.1.3?每份標本可分別加入具有序列特異性的核酸片段作為內標，與標本同時提取、建庫和測序。內標可對管內抑制物、標本間的交叉污染及標本混淆等導致的假陰性或假陽性結果進行質量控制。
5.3.1.4?針對過程中的關鍵步驟和數據，實驗室應有明確質控通過標準，并明確記錄和保存，質控不符合可接受標準時，實驗室不應簽發報告。
5.3.2 實驗室間評價
5.3.2.1?實驗室應定期參加室間質量評價計劃或實驗室間比對計劃。比對標本宜使用臨床剩余標本，若實驗室開展多種標本類型的臨床檢測，不同標本類型宜分別參加實驗室間質量評價計劃或實驗室間比對計劃。
5.3.2.2?實驗室應按 SOP 處理比對標本，不應將比對標本或數據轉送至其他實驗室或使用其他方法進行檢測。
5.3.2.3?當評價結果未達到預定的評價標準時，應記錄不符合結果情況并查找原因，實施糾正措施并監控糾正措施的有效性。
5.4 檢驗后過程
5.4.1 結果審核和發布
審核前應確認通過室內質量控制。結果解讀應結合臨床信息、其他檢驗結果。對于復雜、風險較高或需要臨床決策支撐的結果，宜由兩位工作人員共同進行分析解讀，必要時使用其他方法學復核檢測結果或組織多學科會診后簽發報告。
5.4.2 報告要求
5.4.2.1?報告的病原微生物列表應遵循性能確認結果確定的可報告范圍，明確列出檢出的病原微生物種類和/或耐藥基因等，致病性不明確者不應在報告中體現。如果需要報告近緣物種，應根據性能確認結果明確實驗室對于近緣物種的交叉率，并在 SOP 中明確說明近緣物種的臨界點和報告原則。對檢出的結果宜進行相應的臨床解釋，并聲明檢測項目的技術特點和局限性。
5.4.2.2?報告應包括但不限于：
- a) 實驗室信息；
- b) 患者的基本信息（每頁均應標注患者的唯一識別信息）；
- c) 檢測標本的信息（標本類型、采集時間、接收時間、質量評估等）；
- d) 檢測項目的信息；
- e) 檢測結果及病原微生物注釋；
- f) 檢測方法可報告范圍和局限性；
- g) 檢測人員和審核人員姓名。
5.4.3 回顧性評價
5.4.3.1 臨床隨訪評估：宜對既往檢測結果進行臨床隨訪，以最終診斷結果為參照，分層評估陽性符合率、陰性符合率及整體一致性等指標，并結合典型不一致案例分析可能的假陰性和假陽性原因，判斷現行檢測閾值的適用性與穩定性，確認閾值及判讀規則是否需調整。
5.4.3.2 實驗室背景污染：
5.4.3.2.1?宜定期回顧陰性標本、陰性質控品和/或空白質控品結果，分析實驗室背景污染的物種與變化趨勢，分析內容應包括不同試劑批次、耗材批次、操作人員、實驗環境及季節性因素等對實驗室背景污染的影響，并記錄相關物種的出現頻率、序列數與豐度等特征。
5.4.3.2.2?宜比較不同時間段的實驗室背景污染水平及其對病原檢出和判讀閾值的潛在影響。必要時，宜據此對閾值、室內質量控制參數等進行調整或優化。
四、管理體系要求
6.1 質量管理體系文件
6.1.1 一級文件：質量手冊
實驗室應建立質量手冊、管理方針、質量目標和組織架構等文件。宜結合 mNGS 檢測項目的特殊性，描述組織架構和崗位職責，如明確標本接收、標本處理、測序、數據分析與報告解讀等崗位的職責分工。
6.1.2 二級文件：程序文件
實驗室應建立人員、設備、環境、試劑與耗材管理程序文件，并建立關鍵的過程要求程序文件，宜包含性能確認程序、標本管理程序、實驗室信息管理程序、實驗室內比對程序、室內質控程序、實驗室間評價程序等。
6.1.3 三級文件：SOP
實驗室應對現用檢驗程序詳盡制定 SOP，宜同時制定簡明的快速參考作業指導書或卡片文件。SOP 宜覆蓋臨床預期用途、原理和方法、可報告病原微生物范圍、患者準備與標本采集、標本轉運與接收、標本處理、核酸提取、文庫構建、測序、數據分析與報告解讀過程等。
注：SOP 撰寫具體要求參見 WS/T 227—2024。
6.1.4 四級文件：記錄與表格
實驗室宜結合實際工作情況，建立包括實驗批次記錄表、測序記錄表、質控記錄表、報告解讀與審核記錄表、培訓記錄表等。
6.2 文件控制
6.2.1?所有文件在制定、審批、發布、修改、廢止過程應版本受控，均有唯一性標識和版本號。
6.2.2?現行有效文件應在實施前對相關人員進行培訓，并以適宜形式（紙質或電子）發放至使用場所。
6.2.3?文件修訂應履行審批程序，修訂后應重新培訓。廢止文件應及時回收并標識。
6.3 記錄控制
6.3.1 記錄建立：記錄應真實、完整、清晰、及時，與相應活動同步完成。
6.3.2 記錄修改：
6.3.2.1?若修改紙質表格記錄，宜使用單線或雙線劃改方式，并注明修改人、修改日期、修改理由。
6.3.2.2?若修改電子表格記錄，應自動記錄修改日志。
6.3.3 記錄保存：
6.3.3.1?記錄應以紙質或電子形式保存，電子記錄應定期備份。
6.3.3.2?可基于已識別的風險選擇記錄保存時間。
6.4 失控及糾正預防措施
6.4.1 發生失控時的記錄與原因分析
6.4.1.1?應記錄發生失控的時間和具體環節，如設備故障、人員操作錯誤、試劑配制錯誤等。
6.4.1.2?失控發生后宜第一時間通知實驗室技術負責人，初步評估失控對實驗結果的影響范圍和程度，啟動失控管理流程。
6.4.2 失控發生后的糾正預防措施
6.4.2.1?應根據原因采取相應措施，包括但不限于：
- a) 對于失控造成檢測結果不準確的標本或數據，不應直接簽發報告，應重新檢測或重新采集標本后檢測；
- b) 若失控因人員錯誤操作引起，應對相關人員重新培訓與考核，考核通過后上崗；
- c) 若失控因設備故障引起，應進行設備檢查、維護或重新校準；
- d) 若失控因試劑和/或耗材引起，應立即停用封存該批次試劑和/或耗材，并啟用驗證合格的試劑和/或耗材；
- e) 若失控因環境變化，如溫濕度波動、電力中斷等引起，應暫停實驗，直至環境條件滿足實驗要求后恢復實驗操作。
注：質量管理體系建設具體要求參見 GB/T 22576.1—2018 和 GB/T 27025—2019。
6.4.2.2?應跟蹤糾正預防措施的實施效果，驗證其有效性，并記錄閉環管理過程。
3 月 21-23 日，CACLP 在
